Johannes Käisi Seltsi kõrgeimaks organiks on seltsi liikmete üldkoosolek. Üldkoosoleku kutsub kokku seltsi juhatus vähemalt üks kord aastas.

Seltsi juhtimiseks ja esindamiseks valitakse kolmeks majandusaastaks juhatus ja sellesse võib kuuluda kuni üheksa liiget, kelle määrab üldkoosolek liikme nõusolekul. Juhatus valib oma liikmete seast juhatuse esimehe kolmeks majandusaastaks. Esimees juhib ühingu tegevust juhatuse koosolekute vahelisel ajal.